И вновь бойцам спецподразделения «G.I. Joe» приходится спасать мир от нависшей над ним угрозой. Командир террористической группы "Кобра" оказался на свободе. Со своими приближенными он пытается захватить мир, угрожая первым лицам государств новым и засекреченным орбитальным оружием. Всё ничего, но бойцы «G.I. Joe» снова рядом, и они защитят мир от угрозы.

Когда шпион Зартан уничтожает большую часть отряда Кобры, оставшиеся члены отряда объединяются, чтобы нанести ответный удар.