Сюжет гри розповідає про вигаданому конфлікті в Таджикистані, який розгортається протягом трьох актів. Сторонами цього конфлікту виступають армія США і визвольні війська Китаю. Основний акцент у Operation Flashpoint: Red River зроблений на кооперативне проходження за участю чотирьох чоловік.